История игры, название которой «Бакуган» является очень необычной. В один из очаровательных дней, из безоблачного неба стремительно начали падать неизвестные человечеству шарики. Наш герой по имени Даниал Крузо вместе с друзьями решил собрать все упавшие шарики и придумать новую игрушку, дав ей странное имя – «Бакуган».
Оказывается, в каждом неизвестном шарике заключен страшный монстр, который начинал «проявляться» только после падения на особую карту. Именно на этой особой карте шарик начинал трансформироваться в невиданного монстра, приобретая свои настоящие размеры, раскрывая все необыкновенные способности. На всех картах записаны возможности, которыми владеет тот или иной монстр-Бакуган. На карте также указаны особые бонусы.
Неожиданно для всех в анимационной картине появляется загадочный человек, игрок, носящий красивую маску. Его игра великолепна, ему под силу одержать победу у всех Бакуганов. Побеждая, игрок отправлял Бакуганов в иное измерение, в измерение Смерти, которое расположено в Галактике, откуда они и упали на нашу Землю. Однако лучший игрок по имени Дэн чуть позже понял, что это уже не просто игра, а намного больше.
Приключения начинают происходить из-за того, что игрок в маске, унеся всех Бакуганов, подумал, что ему под силу завоевать всю Землю. Против таинственного игрока решились выступить оставшиеся монстры под руководством Дэна Крузо.