События в мультфильме под названием "Атом" происходят в ближайшем будущем в городке Лэндмарк-сити. Группа подростков находит работу в одной известной лаборатории, где работал учёный-бизнесмен, который взял ребят к себе в помощники - они станут испытателями новых ультрасовременных, экспериментальных машин. Свое команде ребята придумали уникальное название - команда Альфа.
На это они пошли лишь из-за того, что считали себя первыми людьми-пилотами, которые испытали ещё никому неизвестные устройства. Но, спустя некоторое время, наши герои понимают, что они не просто сотрудники фирмы, тут они выполняют ещё более важную работу. Через некоторое время все тайны и загадки становятся ещё более запутанными. На пути раскрытия этих самых тайн, в городе появляется страшная злая сила, соответственно и злодеи, с которыми под силу справиться разве что нашим героям, а именно команде Альфа.