Как Вы поняли речь в этом аниме "Боевой ангел Алита", пойдёт о боевом ангеле, которую зовут Алита. События разворачиваются так, что в будущей жизни, на Земле образуется летающий город. Но вместо него, нас отправляют в город, который находится под ним. Это оказались трущобы Доктора Идо, талантливого учёного, который последнее время занимается изучением киборгов. Он находит на свалке среди отбросов летающего города некую Залему.
Оказывается, что эта девочка были скинута с верхнего города. Доктор восстанавливает девочку и называет её Гэлли, но потом имя меняется на Алиту. Теперь Алита попала в очень плохой город, там наверху для неё был рай, а теперь она в городе помойке, где постоянно стреляются бандиты, чтобы захватить себе власть в городе.
А законы уже давно утеряли свою силу перед этим обществом, тут побеждает сильнейший. Алита бывший киборг, и она очень хочет вернуться обратно в хороший город, но для этого ей нужно набрать денег, тогда он устраивается на работу охотником за киборгами, благодаря своим навыкам, вскоре она становится опытной и известной охотницей. Но одно задание навсегда разрушит всю её жизнь, так как ей поручили убить того, кого она любит больше всего на свете.